Можно добавить ярлык приложения, установленного сторонним способом, на рабочий стол MDM. Для этого нужно знать Package ID этого приложения (если вы знаете URL приложения в Google Play, то он содержит Package ID, пример - com.whatsapp).
Откройте вкладку Приложения, нажмите Добавить.
Введите Package ID (ID пакета), имя приложения, и поставьте в поле "Номер версии" 0. Поставьте флажок "Показать ярлык".
После этого нажмите "Сохранить", и в следующем окне выберите конфигурации, где следует показать ярлык этого приложения.