Загрузка новой версии приложения осуществляется нажатием кнопки "Добавить" в списке приложений. После загрузки новой версии приложения на сервер, выпадает окно, в котором нужно указать, в каких конфигурациях следует обновить версию.
Соответственно, если вы оставите значение "Не устанавливать" - то в этой конфигурации либо будет установлена предыдущая версия (если она была ранее установлена), либо приложение не будет установлено вообще.
Чтобы посмотреть, какие версии приложения загружены, нужно в списке приложений нажать на иконку "Версии":
Чтобы посмотреть, в каких конфигурациях установлена версия, нужно нажать иконку "Конфигурации":
> Приложения не найдены
Это баг. Постараемся в ближайшем будущем исправить эту проблему.